Estate 2003, dopo l'avvicendarsi di annunci e smentite, arriva l'attesa notizia:la S.S. Manfredonia Calcio è stata ceduta al giovane Assessore comunale e provinciale Angelo Riccardi che ha rilevato il club con altri 20 imprenditori locali. Il vecchio stemma va in pensione, ne nasce uno nuovo più moderno e giovanile. L'obiettivo è subito dichiarato Serie C2.

Il campionato 2003/04 è durissimo ma alla fine il Manfredonia di Dino Bitetto vince il campionato di Serie D. La città tutta è in festa il Manfredonia Calcio torna tra i professionisti dopo 64 anni. La felicità e l'entusiasmo dei supporter biancocelesti dilaga nel golfo e il Manfredonia di Bitetto riesce nella duplice impresa vince anche il campionato successivo 2004/05 di Serie C2/C.

Nuovi innesti arrivano per rinforzare la squadra nel difficilissimo campionato di Serie C1/B dove i delfini sono chiamati a battersi contro squadre blasonate come Napoli, Foggia, ed altre. Il campionato si rivela duro, Bitetto parte e arriva Salvo Fulvio D'Adderio ma alla fine il Manfredonia si salva e si classifica decima nel campionato 2005/06 per differenza reti.

Il Nuovo Manfredonia è allenato da Danilo Pierini, le cose in casa vanno bene ma fuori la squadra raccoglie uno striminzito pareggio, e a novembre il tecnico umbro parte. Arriva Francesco d'Arrigo che trova una squadra mal ridotta in classifica ad 1 punto dai play-out, alla fine dell'andata il club garganico raccoglie solo 18 punti in piena zona play-out.

A gennaio, grazie alla campagna aquisti di riparazione, l'esperto DS Fabio Lupo porta in riva al golfo grandi rinforzi come Marconato, Sansovini, Alteri, Marino e Pederzoli un giovane talento della Juventus che si rivelerà il vero punto di forza del club bianco-celeste.
D'altra parte, partono giocatori della vecchia guardia che hanno portato 2 promozioni vedi Vadacca, Brutto, Trinchera e Togni.
Il girone di ritorno si rivelerà pieno di soddisfazioni per il Manfredonia, che riuscirà a classificarsi in nona posizione nel campionato 2006/07 con 46 punti. Miglior piazzamento della sua storia.

Sembra che il sogno sia destinato a continuare ma il 28 maggio 2007 i soci riunitisi dopo aver approvato il bilancio della stagione appena conclusa decidono di vendere la società. La decisione rientra, e viene approvato un nuovo progetto che vede come principale obiettivo puntare sui giovani. Con l'addio del DS Lupo arriva il più blasonato Peppino Pavone, noto alla cronaca sportiva per aver creato negli anni novanta la favola "Zemanlandia" con il Foggia. Come nuovo Allenatore viene chiamato Raffaele Novelli.