Nel 1995-96, però i sipontini attrezzano una bella compagine che viene beffata solo all'ultima giornata da un coriaceo Mola, mentre il torneo se lo aggiudica il Rutigliano.

L'anno successivo si sale in Eccellenza grazie a dei ragazzi strepitosi come i vari Borrelli Massimo, Brigida, D'Arienzo, Miucci. Le intenzioni sono buone per proseguire su questa scia di risultati positivi.

Nel 1997-98 sono l'Aradeo ed il Barletta che ostacolano il Manfredonia, mentre l'anno successivo il Locorotondo si aggiudica il campionato, e i sipontini vanno agli spareggi che la vedono vincitrice in casa contro l'Orlandina. Faranno la parte dei leoni i vari Cannarozzi, D'Ambrosio, La Torre, Lauriola M.

In Serie D non si naviga in buone acque; e il solo Presidente Cozzolini non basta. Si sente la necessità di una programmazione che possa portare la C2.

Nonostante tutto nelle ultime tre stagioni i tifosi sipontini hanno alcune gare impresse nel cuore: il Taranto al Miramare (1999-2000), le due vittorie contro il Brindisi nel 2000-01 e 2001-02. La partita contro la Sangiuseppese (2001-02), la vittoria contro il Melfi (2002-03).