L'esperienza dura poco (solo il torneo 1934-35, ma si vince il titolo regionale ragazzi), in quanto retrocede e si ripresenta nella stagione 1935-36 nel massimo torneo pugliese conquistando la promozione nella nuova Serie C.

I tornei in terza serie, fino al 1939-40, sono abbastanza scialbi. Ma i tifosi ottengono belle soddisfazioni nel 1936-37 e nel 1937-38. Il primo campionato di serie C legittimerà il Manfredonia come matricola terribile e accrescerà il blasone dei biancoazzurri.

Il 1939-40 è l'anno della retrocessione in I Divisione Pugliese. Ma siccome le casse sociali sono povere e all'orizzonte non si fa avanti alcun dirigente facoltoso (nonostante le pressioni del PNF) si opta per la II Divisione.

Intanto scompare la vecchia Associazione Sportiva e nasce la Polisportiva Manfredonia, composta tutta da atleti locali, che animano il calcio sipontino prima, durante e dopo la II Guerra Mondiale.

Tutti i dati storici e statistici sono tratti dal libro di Giovanni e Giuseppe Ognissanti: "70 anni di emozioni; le origini dell'A.S. Manfredonia tra ricordi e testimonianze", Ed. A.S.S. 2002.